Die Einrichtung der Arbeitskreise geht auf einen Vorstandsbeschluss des Region Köln/Bonn e.V. (damals Regio Rheinland und Nachbarn e.V.) Mitte der 90er Jahre zurück. Danach sollten zu verschiedenen Arbeitsbereichen regionale Arbeitskreise gebildet werden, mit dem Ziel, vor allem die themenbezogene regionale Zusammenarbeit zu verbessern.
Unter dem Dach des Region Köln/Bonn e.V. existieren heute folgende Arbeitskreise:
AK Natur und Landschaft
AK der Wirtschaftsförderer
AK Europa
AK Rhein
AK der Regionalbeauftragten
An den Sitzungen der Arbeitskreise nehmen die fachspezifischen Vertreter der Vereinsmitglieder und regionalen Kooperationspartner teil. Die von den Arbeitskreisen erarbeiteten Ergebnisse werden dann über die Geschäftsstelle an den Vorstand berichtet.