Die Organe des Region Köln/Bonn e.V. sind die Mitgliederversammlung und der Vorstand. Zusammensetzung, Aufgaben und Befugnisse regelt die Satzung.
Die Mitgliederversammlung setzt sich aus 93 Vertreterinnen und Vertreter zusammen.
- Rainer Deppe MdL (Vertreter der Mitgliederversammlung)
- Katja Dörner (Oberbürgermeisterin Bundesstadt Bonn)
- Garrelt Duin (Hauptgeschäftsführer Handwerkskammer zu Köln)
- Markus Grawe (Vorstandsvorsitzender Sparkasse Leverkusen)
- Jochen Hagt (Landrat Oberbergischer Kreis)
- Dr. Hubertus Hille (Hauptgeschäftsführer Industrie- und Handelskammer Bonn/Rhein-Sieg)
- Ulrike Lubek (Direktorin Landschaftsverband Rheinland)
- Jörg Mährle (Regionsgeschäftsführer DGB-Region Köln-Bonn)
- Dr. Reimar Molitor (Region Köln/Bonn e.V.) - Geschäftsführendes Vorstandsmitglied
- Hans-Jürgen Petrauschke (Landrat Rhein-Kreis Neuss)
- Henriette Reker (Oberbürgermeisterin Stadt Köln) - 1. Stellv. Vorsitzende
- Uwe Richrath (Oberbürgermeister Stadt Leverkusen) - Vorsitzender
- Frank Rock (Landrat Rhein-Erft-Kreis)
- Stephan Santelmann (Landrat Rheinisch-Bergischer Kreis)
- Sebastian Schuster (Landrat Rhein-Sieg-Kreis)
- Dr. Uwe Vetterlein (Hauptgeschäftsführer Industrie- und Handelskammer zu Köln)
- Ulrich Voigt (Vorstandsvorsitzender Sparkasse Köln/Bonn)
- Alexander Wüerst (Vorstandsvorsitzender Kreissparkasse Köln) - 2. Stellv. Vorsitzender
- Dr. Jürgen Pföhler (Landrat Kreis Ahrweiler)
- Markus Ramers (Landrat Kreis Euskirchen)
- Wolfgang Spelthahn (Landrat Kreis Düren)
- Gisela Walsken (Regierungspräsidentin Köln)
